Na obszarze ziem polskich najbardziej odpowiednią dla gospodarstw jest metoda przechowywania gnoju pod bydłem, którą się u nas od wieków stosuje. Metoda ta racjonalnie użyta gwarantuje najlepszą konserwację obornika, o czym świadczy szereg badań wykonanych w ostatnich kilkudziesięciu latach.
Straty azotu w głębokiej stajni ograniczają się głównie do uchodzenia amoniaku, natomiast na gnojowni dochodzą straty polegające na wywiązywaniu się wolnego azotu.
Wolny azot wywiązuje się w ten sposób, że z amoniaku tworzy się saletra pod wpływem bakterii nitryfikacyjnych, a utworzona saletra ulega rozkładowi pod wpływem bakterii denitryfikacyjnych i w ten sposób uchodzi wolny azot. Przez trzymanie gnoju pod bydłem, mocz, którym przesycony jest gnój wstrzymuje rozwój bakterii nitryfikacyjnych, działa na nie trująco, na skutek tego tworzenie się saletry jest uniemożliwione, a straty azotowe są zahamowane. Te konserwujące właściwości ma przede wszystkim mocz bydlęcy, słabiej działa koński, a najmniej trująco działa mocz owczy. Straty azotowe w owczarniach są duże, zmniejszają się one jedynie przy bardzo silnej obsadzie owczarni.
Obornik koński i trzody chlewnej należy przenosić do obory bydła rogatego rozrzucając go równomiernie i nie pozostawiając żadnych ścieżek między stanowiskami. Natomiast nie należy zostawiać gnoju w stajni końskiej, gdyż wyziewy amoniakalne gorącego obornika szkodzą koniom, podrażniając błony śluzowe, zwłaszcza oczu i szkodzą kopytom. Jedynie podczas ostrych zim można zostawiać nawóz pod końmi.
Dostatek ściółki. Pierwszym warunkiem racjonalnego przechowywania obornika pod bydłem jest dostateczna ilość ściółki. Ściółki powinno się dawać tyle, aby gnojówka nie ściekała. Badania ostatnich lat wykazały, że w razie wyciekania gnojówki ze stosu gnoju i odprowadzenia jej na zewnątrz budynku, bakterie nitryfikacyjne rozmnażają się, przez co konserwacja azotu pogarsza się i zwiększają się straty azotowe. Na jedną dużą sztukę bydła (około 500 kg) daje się dziennie na ściółkę około 6 kg słomy, gdy przy codziennym usuwaniu obornika na gnojownię wystarcza 3 – 4 kg słomy dziennie. Ze względu na konserwację azotu, jak i na higienę zwierząt, najwłaściwsza jest sucha i zdrowa słoma. Badania wykazały, że przy ścieleniu łętami od ziemniaków względnie słomą, pochodzącą od krycia kopców ziemniaczanych, konserwacja azotu jest gorsza, albowiem rozwijają się bakterie nitryfikacyjne.
Obornik przechowywany pod bydłem umożliwia nie tylko wyższą produkcję okopowych i ziarna, lecz przede wszystkim słomy, gdyż obfitsze zasilenie gleby w azot powoduje większą jej produkcję. Zastosowanie metody trzymania obornika pod bydłem sprawia największe trudności w pierwszych latach, gdy jeszcze produkcja słomy jest niedostateczna. Zaoszczędzić na ściółce można przez cięcie słomy na długą sieczkę, 15 – 30 cm., przez co zdolność wchłaniania cieczy wzrasta o mniej więcej 20 procent. Przy niedostatecznej ilości słomy bardzo dobrze jest używać ściółki torfowej. Dodatek torfu do gnoju ma tę zaletę, że wprowadza dużo próchnicy, która pod wpływem węglanu amonowego gnoju częściowo ulega rozpuszczeniu i działa pobudzająco na wzrost korzeni roślin. Aby nadmiar gnojówki nie wchłoniętej przez słomę zatrzymać, korzystnie będzie wyściełać spód obory torfem. Przy dostatecznej ilości ściółki i odpowiednim urządzeniu obory, trzymanie gnoju pod bydłem nie wywiera żadnego ujemnego wpływu na stan zdrowia zwierząt. Gdy natomiast zabraknie ściółki i bydło stać musi w mokrym gnoju, szkodzi to bardzo zwierzętom.
Przy trzymaniu obornika pod bydłem obsługa ogranicza się do tego, że zmoczoną i z kałem pomieszaną słomę przerzuca się z pod tyłu zwierząt do przedniej części stanowiska i ścieli się świeżą słomę tak, by bydło zawsze miało suche legowisko. Bydło młodociane zostawia się nieuwiązane, aby swobodnie po nawozie chodząc ugniatało i utrzymywało go w stanie równomiernego przesycenia moczem.
Żłoby mogą być przenośne, podobne do żłobów dla owiec. Przez przenoszenie żłobów na kozłach, co tydzień na inne miejsce, osiąga się równomierną konserwację nawozu i zahamowanie strat azotowych w całej masie nawozu. Przy stałym utrzymywaniu żłobów w jednym miejscu okazało się, że dobrze konserwuje się azot jedynie przy tylnej części stanowiska, gdzie gnój przesycony jest moczem, natomiast w suchszej, przedniej części stanowiska bakterie nitryfikacyjne dobrze się rozwijają i znaczna część azotu uchodzi w powietrze. Stałe żłoby w oborach głębokich są niepraktyczne, gdyż po wybraniu obornika bydło z trudem wspinać się musi, by sięgnąć do żłobu. Jednakże przy zmianie płytkiej obory na głęboką można zaniechać tak kosztownych urządzeń, jak rujnowanie starych żłobów i zastępowanie ich innymi. Skoro po wywiezieniu nawozu żłoby są zbyt wysoko umieszczone, należy u przodu stanowiska dawać więcej ściółki, aby ułatwić bydłu sięganie do żłobu. Do głębokich obór lepiej nadają się żłoby wiszące, które podnosić można w miarę przybywania nawozu, albo żłoby na drabinkach.
Dno obory. Ponieważ warstwa nawozu przechowywanego pod bydłem dochodzi do wysokości 1 m. a nawet 1,20 m., więc obora, w której przechowuje się nawóz powinna być o tyle wyższa, względnie o tyle wgłębiona. Dno obory powinno być nieprzepuszczalne, najlepiej z betonu lub wyłożone warstwą tłustej gliny, grubości około 30 cm., na którą dobrze jest położyć bruk albo też cieńszą warstwę betonu. Używania zaprawy wapiennej w miejscach stykających się z nawozem względnie gnojówką należy unikać, gdyż gnojówka przeżera wapno. Wszelkie szczeliny w dnie obory należy zabetonować. Dno wybrukowane lub wybetonowane powinno być w podłużnej linii obory kolebkowato zagłębione, aby ściekająca z nawozu gnojówka nie zbierała się przy ścianach obory. Jeżeli podłoga nie może być brukowana lub wybetonowana, wtedy na dno wyłożone gliną korzystnie jest dawać warstwę torfu, który razem z nawozem wywozi się w pole.
Przewietrzanie. Ponieważ z fermentującego nawozu ulatnia się dużo pary wodnej, dwutlenku węgla, amoniaku oraz innych gazów, przez to należy mieć w oborze, w której przechowuje się nawóz dobre przewietrzanie czyli wentylację. Jest ono konieczne tak ze względów higienicznych, jak i ze względu na konserwację budynku. Wentylatory zazwyczaj pomieszcza się poniżej okien. Wentylacja w ścianach ma jednakże tę wadę, że w razie wiatru wiejącego w ścianę obora zbytnio się ochładza. Jeśli uwiązane krowy stoją w pobliżu przeciągu to łatwo się przeziębiają co wywołuje choroby zwierząt i ujemnie wpływa na produkcję mleka. Doświadczenie uczy, że najkorzystniejszą jest wentylacja centralna. Polega ona na działaniu dwóch rur, z których jedna jest osadzona niżej od drugiej. Dzięki temu cieplejsze powietrze uchodzi rurą wyżej umieszczoną i powoduje wciąganie drugą rurą powietrza chłodniejszego. W ten sposób odbywa się wymiana powietrza w oborze. Odświeżanie powietrza jest tak doskonałe, że dwa lub trzy centralne wentylatory wystarczają na duży budynek, nie tylko w oborach bydlęcych, ale i w stajniach końskich i owczarniach, gdzie szczególnie duża amoniaku zbiera się w powietrzu. Zamiast 2-ch rur zbitych z desek i umieszczonych obok siebie, rury mogą być umieszczone jedna w drugiej. Wentylatory należy ubezpieczyć odpowiednią warstwą izolującą, aby wskutek szybkich zmian temperatury na ścianach wentylatora nie osadzała się para wodna, co mogłoby spowodować ich gnicie. Przed opadami należy wentylator ochronić daszkiem.
W oborze głębokiej dobrze jest drzewo budynku pociągnąć karbolineum, smołować, lub impregnować, aby je zabezpieczyć przed gniciem. Przy dobrej wentylacji nie należy się obawiać szkodliwego wpływu przechowywania gnoju w oborze na trwałość budynku.