Podczas fermentacji zachodzą w gnoju przemiany ciał azotowych.
Azot stałych części obornika, kału i słomy, jest nierozpuszczalny a złączony ze związkami węglowymi w formie białka jest trudno przyswajalny. Natomiast azot moczu, względnie gnojówki, znajduje się w formie rozpuszczalnej w postaci łatwo rozkładalnych związków i jest łatwo przyswajalny. Praktyczne znaczenie dla produkcji roślinnej ma więc przede wszystkim azot gnojówki. Ten łatwo przyswajalny azot gnojówki wchodzi niekiedy w połączenie ze związkami organicznymi stałych części obornika. Przy ułatwionym dostępie powietrza pewne części łatwo przyswajalnego azotu wchodzą w połączenia białkowe stałych części gnoju.
Gnojówka zawierająca łatwo przyswajalny cenny azot, a także znaczną część zawartych w oborniku soli potasowych, jest najcenniejszą częścią nawozową gnoju. Dlatego ochronić należy gnojówkę przed spływaniem do rowów i stawów. Jeżeli nadmiar wody opadowej dostanie się do stosu obornika gnojówka ulega wypłukaniu, najcenniejsze jej części nawozowe uchodzą, a pozostaje tylko wyługowana reszta o małej wartości nawozowej.
Gnojówka nie powinna spływać ze stosu obornikowego, ani w podwórze, ani w przepuszczalne podłoże.
Straty azotu. Poważne straty przy przechowywaniu obornika nastąpić mogą wskutek ulatniania się najcenniejszego składnika pokarmowego tj. azotu. Dochodzić one mogą do 50% całkowitego azotu, tzn. ujść może w zupełności azot czynny, dla roślin łatwo przyswajalny. Wtedy pozostaje tylko azot nie rozpuszczalny kału i słomy, którego wartość nawozowa jest bardzo mała. Straty azotowe wynikające ze złego przechowywania obornika mogą być tak wielkie, że dochodzą do 15 kg azotu rocznie przy jednej sztuce bydła. Jest to strata dla gospodarstwa bardzo dotkliwa zwłaszcza jeśli się uwzględni, że najczęściej w gospodarstwach brak azotu hamuje produkcję. Przeważnie na polach rośliny są wątłe, o wąskich liściach i blado-żółtej barwie. Ten stan pól świadczy, że w gospodarstwie sprawa racjonalnego przechowywania obornika jest źle postawiona.
Straty 15 kg azotu rocznie na jedną sztukę bydła są bardzo duże. Taki ubytek produkcji decydować może o egzystencji gospodarstwa, jeśli bowiem gospodarz ma 3 krowy, to strata dużej części ziemniaków i żyta jest poważnym ubytkiem, a uniknąć jej można jedynie przy zastosowaniu większej dbałości i pracy.
Dlatego poznać należy istotę strat azotowych, a wtedy zrozumiałe będą środki zaradcze.
Azot uchodzić może jako amoniak; gryzące pary unoszące się zwłaszcza w owczarniach lub ze stosu obornika końskiego, a także bydlęcego świadczą, że w oborniku zachodzą straty amoniakalne. Oprócz tego może azot ujść w stanie wolnym, w formie nie podpadającej wrażeniu zmysłów. Straty te mogą być tak znaczne, że obornik w przeciągu kilku tygodni może prawie zupełnie stracić łatwo przyswajalny azot. Straty te stają się widoczne w zmniejszonych plonach.
Najgroźniejsze jest uchodzenie wolnego azotu z obornika. Okazało się, że straty te powstają wskutek tego, że azot amoniakalny gnoju zamienia się w azot saletrzany i ten pod wpływem bakterii rozwijających się na stałych częściach obornika ulega rozkładowi (denitryfikacji), przy czym azot uchodzi w powietrze. Straty można wstrzymać uniemożliwiając tworzenie saletry, czyli hamuje nitryfikację. Okazało się, że bakterie wytwarzające saletrę (nitryfikacyjne) znajdują dogodne warunki rozwoju na gnojowni, natomiast wstrzymany jest ich rozwój w nawozie przechowywanym pod bydłem.
To też gnój trzymany pod bydłem konserwuje azot znacznie lepiej, aniżeli na gnojowni.
Można też uniknąć strat azotowych przez możliwe oddzielenie gnojówki od stałych części obornika.
Wreszcie istnieje i ta możliwość, że wstrzymuje się nitryfikację przez zupełne zahamowanie dostępu powietrza przechowując odchody zwierząt w dołach w stanie półpłynnym.
Na mocy powyżej podanych wskazań istnieją różne metody gromadzenia i przechowywania obornika.
Mają one na celu przede wszystkim zmniejszenie strat azotowych.